Милан Вртунски је на Факултету техничких наука запослен од 2006. године, прво као стручни сарадник – лаборант, а потом од 2012. као асистент-мастер. Ангажован је у извођењу наставе на предметима из области геоинформационих технологија, геоинформатике, геосензора и аутоматике. Његова област истраживања су системи за мониторинг деформација терена и објеката у реалном времену, глобални сателитски системи позиционирања, технологије за неинвазивну детекцију подземних инсталација и примена геоинформационих технологија и система. Аутор је и коаутор више од 40 научних радова објављених у научним часописима и на научним скуповима. Такође је активно учествовао у више домаћих и међународних пројеката.