Stranice predmeta

Osnovni pojmovi iz teorije grafova i teorije algoritama i računske složenosti. Osnovne algoritmske tehnike: iscrpno traženje (Exhaustive search), “gramzivi” algoritmi (Greedy algorithms), dinamičko programiranje (Dynamic programming), “podeli pa vladaj” algoritmi (Divide-and-conquer algorithms). Algoritmi za rešavanje problema u bioinformatici i računarskoj biologiji: egzaktno i približno poređenje stringova (Exact/inexact string matching); konstruisanje sufiksnih stabala (Suffix trees); određivanje razlike (udaljenosti) između stringova (Edit distance); nalaženje maksimalnih zajedničkih podstringova i minimalnih nadstringova (Longest common substring, shortest common superstring); mapiranje i određivanje redosleda sekvenci nukleotida u DNK (DNA mapping and sequencing); globalno i lokalno poravnavanje sekvenci (Global and local sequence alignment); poravnavanje blokova sekvenci DNK (Block alignement); nalaženje motiva/obrasca (Motif finding); nalaženje ponovljenih sekvenci (Repeat finding); predviđanje mesta gena u genomu (Gene prediction); utvrđivanje promene redosleda gena u genomu (Genome rearrangements); sekvencionisanje i identifikacija proteina (Protein sequencing and identification); poređenje više stringova istovremeno (Multiple string comparison); Analiza podataka u bioinformatici i računarskoj biologiji. DNK nizovi i mikronizovi (DNA arrays and microarrays); određivanje evolutivnih stabala i filogeneza (Evolutionary trees and phylogeny); hijerarhijsko i k-means grupisanje (Hierarchical and k-means clustering); analiza ekspresivnosti gena (Gene expression analysis); predstavljanje složenih grafovskih/mrežnih struktura (Complex graph/networks layout).