Fakultet tehničkih nauka

Predmet: Modelovanje i simulacija biofizičkih procesa (17.BM118D)

Matične organizacione jedinice predmeta: Departman za energetiku, elektroniku i telekomunikacije
Osnovne informacije:
 
Kategorija Stručno-aplikativni
Uža naučna oblast Elektronika
Multidisciplinarna Ne
ESPB 5
Cilj:

Predstaviti studentima modelovanje i simulaciju biofizičkih procesa kao atraktivnu i izrazito multidisciplinarnu oblast od posebnog značaja u biomedicinskom inženjerstvu. Studenti treba da se upoznaju sa aktuelnim modelima ključnih biofizičkih procesa, principima razvoja biofizičkih modela i tehnikama numeričke implementacije modela radi izvođenje većeg broja in silico eksperimenata, a u cilju analize uticaja pojedinih parametara modela na procese i pojavu oboljenja u čovekovom organizmu.

Ishod:

Osnovna teorijska i primenjena znanja potrebna za rad i komunikaciju u multidisciplinarnom timu inženjera, fizičara, biologa i lekara. Sposobnost razvoja novog ili unapređenje postojećeg biofizičkog modela, kao i implementacija modela pomoću numeričkih modela radi izvođenja in silico eksperimenata. Sposobnost studenata za analizu dobijenih rezultata simulacija i izvođenje zaključaka vezanih za uticaj pojedinih parametara na ključne procese i pojavu oboljenja u čovekovom organizmu. Obučenost studenata za korišćenje programskih paketa za numeričke simulacije.

Sadržaj:

Značaj modelovanja i simulacije biofizičkih procesa (prednosti i nedostaci). Klasifikacija modela. Električni model jonskih kanala ćelijske membrane. GHK naponska jednačina. Uprošćeni električni model ćelijske membrane za sfernu ćeliju. Električni model Na–K pumpe. Električna otpornost aksona sa i bez mijelinskog omotača. Kapacitivnost aksona. Električnog modela aksona po modelu kabla (podužni parametri modela, naponska jednačina modela, analiza jednačine prostiranja signala, prostorna i vremenska konstanta, brzina prostiranja signala). Hodgkin–Huxley model (naponsko–zavisne provodnosti Na i K jonskih kanala, parametri modela i naponska jednačina Hodgkin–Huxley modela, analiza uticaja pojedinih parametara modela na prostiranje signala duž neurona). Fitzhugh–Nagumo model (izvođenje iz Hodgkin–Huxley modela, prednosti i nedostaci). Modelovanje protoka krvi prema analogiji kardiovaskularnog sistema sa električnim (periferni otpor, compliance i intertance, modelovanje srčanih zalistaka). Windkessel efekat. Windkessel električni modeli sa 2, 3 i 4 elementa (naponske jednačine modela, analitičko rešenje u sistolnoj i dijastolnoj fazi i analiza uticaja pojedinih parametara krvnog suda). Električni model kardiovaskularnog sistema. Model ventrikularne LVAD pumpe. Osnovne modelovanja respiratornog sistema. Karakteristike rasta tumora. Modelovanje rasta tumora po eksponencijalnom modelu. Strukturni model rasta tumorske populacije. Logistički i Gompertz–ov model rasta tumora. Funkcionalni model na bazi ćelijske kinetike. Modelovanje efekta terapije (hemioterapija, imunoterapija i anti–angiogenetska terapija) na rast tumora. Modelovanje i simulacija radio–frekvencijske i mikrotalasne ablacije tkiva kancera (3D analiza efekata terapije). Uvod u modelovanje farmakokinetike. Primena PBPK modela za predviđanje apsorpcije, distribucije, metabolizma i izlučivanja antibiotika i citostatika. Ograničenja PBPK modela.

Metodologija izvođenja nastave:

Predavanja. Računarske vežbe. Konsultacije.

Literatura:
Autori Naziv Godina Izdavač Jezik
Dominik Wodarz. Natalia L. Kolmarova Dynamics of Cancer: Mathematical Foundations of Oncology 2014 World Scientific Publishing Engleski
Luca Formaggia, Alfio Quarteroni, Alessandro Veneziani Cardiovascular Mathematics: Modeling and Simulation of the Circulatory System 2009 Springer Engleski
Gregory R. Bock, Jamie A. Goode In Silico Simulation of Biological Processes 2012 John Wiley & Sons Engleski
Christof Koch, Idan Segev Methods in Neuronal Modeling: From Ions to Networks 2000 MIT Press Engleski
Formiranje ocene:
Predmetna aktivnost Predispitna Obavezna Broj poena
Test Da Da 15.00
Odbranjene računarske vežbe Da Da 20.00
Pismeni deo ispita - kombinovani zadaci i teorija Ne Da 60.00
Prisustvo na predavanjima Da Da 5.00
Izvođači nastave:
Računarske vežbe
Predavanja